Илинденско-Преображенското въстание представлява венецът на българското националноосвободително движение. Основание за подобно заключение може да намерим в броя на въстаниците (към 26 000), в чисто географския мащаб на революционната борба, а освен това и фактът, че освен българи участие вземат и представители на други групи като например власи и гъркомани.
Решението за организиране на това въстание е взето на Солунския конгрес на ВМОРО (тогава носеща името ТМОРО – Тайна македоно-одринска революционна организация) от 2-4 януари 1903 г., председателстван от Иван Гарванов. Мястото е изпълнено с особена символика, това е Солунската българска гимназия, „откърмила“ много от българските революционери в Македония. На конгреса по различни причини не присъстват Гоце Делчев, Дамян Груев, Пере Тошев и други от всепризнатите водачи на Организацията, които изразяват несъгласие с взетото решение. По думите на Гоце Делчев „ …лошо бихме се отплатили на България за многобройните жертви подир нас, ако искаме да я вкараме боса в огъня!“, визирайки надеждата, че България би изпратила подкрепа на въстаниците.
Непосредствено след това представители на конгреса пристигат в София, където обсъждат Солунското решение и тактиката на бъдещото въстание с отсъствалите лидери. От последвалите събития може да се приеме тезата, че те дават съгласието си за вдигане на въстание само в най-подготвените райони, докато на други места се заложи на засилена четническа дейност без увличане на населението. Всеки окръг трябва сам да определи датата на надигането и неговия характер.
Конкретните причини, довели до избухването на въстанието, се състоят в цялостната обстановка към онзи период. Горноджумайското въстание от 1902 г. засилва вече съществуващото напрежение между населението и турските власти. Последните отговарят с нова вълна от репресии, което тласка все повече хора към революционни действия. Освен това сблъсъците из планинските части на Македония между четите на Организацията и турската полиция са сякаш ежедневие. Обикновено се посочва, че над 86 сражения се провеждат само през първата половина на 1903 г.
В подготовката на въстанието се включват както членовете на ВМОРО и местни жители, така и български офицери от Княжеството, дейци на Македоно-одринската организация и нейният ръководен орган Върховният македоно-одрински комитет (ВМОК), забранена от правителството на Стоян Данев в началото на 1903 г. след натиск от Великите сили. Въпреки несъмнено по-добрата подготовка в сравнение с други български въстания, не може да се скрие, че някои области не са готови за въоръжено надигане от такъв мащаб най-малкото поради липсата на достатъчно оръжие. Както споделя Дамян Груев: „считах за безумно да се премълчава, че някои райони никак не са подготвени и че няма да вземат участие“.
Сред събитията, превърнали се в своеобразни ускорители на въстанието са Солунските атентати от края на април 1903 г., когато на 28 (15 април – датите в скоби са по стар стил – б.а.) в Солун е взривен френският кораб „Гвадалкивир“. На следващия ден такава съдба сполетява и тръбопроводът за светлинен газ, а вечерта е белязана от нанасянето на най-големия удар, този срещу „Банк Отоман“. Сражения между турската полиция и извършителите в лицето на групата на „Гемиджиите“, сред които Йордан Попйорданов-Орце, Павел Шатев, Константин Кирков и др. се водят до зори. Резултатът е засилени репресии срещу българското население във Велес (откъдето са повечето от атентаторите), а в отговор четите на ВМОРО увеличават своят активност в района.
Не изминава и месец и Вътрешната организация понася нов удар. На 4 май (21 април), на път за конгреса на Серския революционен окръг, край с. Баница е убит Гоце Делчев, заедно с още няколко четници и войводата Димитър Гущанов. Събитията са подробно описани от поета Пейо Яворов, който е част от четата на Делчев, но успява да се спаси от организираната засада.
Въпреки неблагоприятната обстановка водачите на ВМОРО решават да се заемат с последните приготовления около въстанието, като проведат конгреси из Македония и Одринско.
В Македония такъв конгрес се състои в Смилево от 30 април до 07 май (17-24 април). Това е конгресът на Битолския революционен окръг. Председател е завърналият се от затвора в Подрумкале Дамян Груев. Мъдростта и решимостта на най-близкия съратник на Делчев вдъхват нов кураж на комитите. Избран е главен щаб с членове Дамян Груев, Борис Сарафов и Анастас Лозанчев, а на 14 (1-ви) юли при с. Буф, Леринско се взема решение въстанието да избухне на празника Илинден.
На 11 юли (28 юни) в местността „Петрова нива“, Странджа Одринският революционен окръг провежда своя конгрес. Определят се районите, в които ще се водят масови въстанически действия и се избира Главно боево тяло в състав Михаил Герджиков, Лазар Маджаров и Стамат Икономов. Изпълнението на плана трябва да започне след обявяването на въстанието в Македония а за дата е избран празникът Преображение Господне.
Заради смъртта на Гоце Делчев конгресът на Серския революционен окръг е отложен и се свиква едва на 2 август (20 август), когато въстанието в Битолско и Одринско върви към своя край. Решено е да се извършват главно четнически действия и подривни акции. В ръководното боево тяло влизат Димитър Стефанов, Александър Радославов и Симеон Витанов.
В Скопския, Солунския и Струмишкия окръг не са свикани конгреси. Решено е действията на местните комитети да се съобразени с общото развитие на въстанието.
Бунтът избухва по план на 2 август (20 юли), когато се вдига населението на Битолския революционен окръг. Най-ярко проявление на въстаническите действия тук представлява превърналата се в светъл идеал за поколения Крушевска република, прокламирана от „Горското началство“, начело с учителя Никола Карев. Сформираното временно правителство действа на принципа на равното представителство между българи, власи и гъркомани.
Въстанически действия започват в близост до Валовища, където действа прочутият войвода Йордан Силянов-Пиперката и в Долна Преспа, начело със Слави Арсов. Въстанието се разраства особено в Костурско, където водачи са Васил Чекаларов, Митре Влаха и Лазар Поптрайков.
В Леринско излизат чети, водени от Георги Попхристов, в Охридско от Лука Групчев, Прилепско от Гьорче Петров, въстава и част от селата в Кичевско, където оперират Пере Тошев и Лука Джеров.
В разгара на сраженията в Битолско, на 19 август (6 август) оръжието грабва и Одринският окръг. Водачи тук са изтъкнатите войводи Михаил Герджиков и Кръстьо Българията, изградили комитетската мрежа на ВМОРО в региона, заедно със Стамат Икономов и Лазар Маджаров. Решено е да се извърши обединена атака на Малко Търново, която обаче не успява. Въпреки това са освободени много от малкотърновските села, след което падат Царево и Ахтопол. На овладяната територия се образува Странджанската комуна.
Събитията предполагат реакция на Княжество България, което вече граничи с въстанически територии, но за военна подкрепа моментът е твърде неподходящ. Великите сили многократно предупреждават правителството на ген. Рачо Петров за негативните последици при евентуална намеса на България.
На 27 септември (14 септември) в Серско започват да действат четите на Атанас Тешовски и Стоян Филипов. Тук пристигат и множество върховистки части, водени от български офицери. Междувременно дружините на Михаил Чаков и Никола Пазарджиклията нападат Кремен и Обидим. В Демирхисарско акции осъществяват Любомир Стоенчов и Илия Кърчовалията, а в Мелник излизат четите на Яне Сандански и кап. Юрдан Стоянов. Най-мащабни са акциите в Разложко.
Османското правителство предприема сериозни мерки срещу въстаниците, въпреки първоначалната изненада от развоя на събитията. Армия от около 80 000 души начело с Назър паша навлиза в Македония и предприема офанзива срещу Битолския окръг. Седалището на Главния щаб, Смилево, е нападнато от 10 000 корпус, който смазва въстанието в целия район.
Крушевската република е ликвидирана след упорити боеве срещу 18 000 османска военна част. Най-продължителното сражение се води на „Мечкин камен“, където легендарният Питу Гули заедно с още 300 души удържа позицията почти цял ден.
До края на месец септември въстанието в Долна Преспа и Демирхисарско също е потушено, въпреки упоритата съпротива на Борис Сарафов край с. Боища, където се бият около 1000 въстаници. Различно се развиват нещата в Костурско. Там силите на Васил Чекаларов застрашават самия Костур независимо от присъствието на редовна армия. Положението тук е овладяно едва към края на октомври, а разбиването и на тези въстаническите сили предопределя потушаването на революционните огнища в Леринско, Охридско и Кичевско.
В Одринско настъпва 40 000 армия. Османските войскови части осъществяват планомерно настъпление срещу въстаниците. Извършен е морски десант в гърба на четите. Така българите са нападнати от две страни и след множество неравни боеве четите са разбити и турците се нахвърлят върху населението.
Постоянните действия на чети в Серския окръг приковават над 15 хиляди османски войници. Водят се кръвопролитни сражения. В самия Разлог четниците и местните въстаници се сражават с нечувана храброст и дават много жертви. В отговор, башибозукът извършва истинска сеч срещу мирното населението. След ожесточена борба е запалена Белица.
Равносметката от въстанието е близо тримесечна борба, смазана с нечувана жестокост и насилия. Както споделя Дамян Груев: „Първият ден (след разгрома на Смилево – б.а.) някои жени и деца, застигнати, са били избити, па и изнасилвани. Влизат си в селото, което беше изгоряло.“ В кланетата се включват сръбски и гръцки чети.
Според данните на Мемоара на ВМОРО до Великите сили от 1904 г. в сраженията загиват близо 1000 въстаници, опожарени са 201 села, убити са 4696 души от мирното население, а нов бежански поток от над 30 000 тръгва към България.
Външната реакция не закъснява. В Княжество България се създава Благодетелна комисия начело с проф. Димитър Агура от Софийския университет, която се заема с положението на бежанците, а неговите колеги проф. Любомир Милетич и проф. Иван Георгов предприемат обиколка из Европа, по време на която настояват за реформи във въстаналите вилаети. Дарение за бежанците прави и майката на княз Фердинанд, княгиня Клементина. Народното събрание гласува кредит от 500 милиона лева за подпомагане на бежанците.
Особено силен е отзвукът в Русия, където се събират помощи за пострадалите. Ирландският журналист и кореспондент на в. „Таймс“ на Балканите, Джеймс Баучер, представя пред обществено мнение във Великобритания каузата на въстаниците и жестокостите на османските власти, а в Лондон дори се създава Балкански комитет начело с Ноел Бъкстон. Неговите дейци организират мисия в Македония за подпомагане на пострадалите начело със сем. Брайлсфорд. Във Франция широката общественост осъжда действията на османските власти. Хора като Жан Жорес, Виктор Берар и Мишел Беров се изказват в защита на македонското и одринското население. В САЩ въстанието се приема като резултат от Берлинския договор. Най-активен в описанието на турските зверства там е в. „Ню Йорк Таймс“.
В крайна сметка Илинденско-Преображенското въстание не успява да постигне своите цели. Приетите реформи (т. нар. Мюрцщегски реформи) реално не са приложени, Организацията е застрашена от ново разцепление, а сръбската и гръцката пропаганда си отварят път за по-стабилни позиции в поробените вилаети. Въпреки това въстаниците показват, че българите в Македония и Тракия напълно са узрели за борба срещу Османската империя и действията им не са хаотични или необмислени. Тактиката на последователно избухване на въстанието в различните райони успява да затрудни османската армия, чиито части от Мала Азия нямат боен опит в планинските райони на Македония и Одринско. Същевременно помощта, оказана от български офицери е безценна. С военния си опит те допринасят за много от въстаническите успехи и оцеляването на голяма част от четниците.
Както посочихме по-горе, избухването на въстанието се оказва неизбежно. Това се дължи не само на репресиите от страна на властите, но и на тежкото икономическо положение на бъгарите в Македония и Тракия. Последвалото възстановяване на ВМОРО и подновяването на борбата обаче показва решимостта на населението от Охрид до Одрин да се бори за своята свобода или като гласи едно изречение от въстаническото възвание на Главния щаб на Битолския окръг: „Хиляди пъти по-добре смърт, отколкото скотски живот!“