Петър Карчев пише за него:
„Държанието и усмивката на Протогеров говореха, че е човек с открита душа и честна мисъл… [Протогеров] беше здрав, левент, почти винаги с весело изражение, което с необяснима сила привързваше хората към него.“
Унгарски дипломат Шандор Киш-Немешкейри допълва образа му със следните думи:
„Човек с големи познания, говорещ чужди езици, отлично възпитан, изключително смел, с огромни организационни възможности.“
На 7 юли 1928 година малко преди полунощ, двама мъже вървят по улица „Екзарх Йосиф“ в София. В топлата лятна нощ проехтяват изстрели и двамата падат мъртви. Притичалите минувачи установяват, че убитите са известният български военен деец и един от ръководителите на ВМРО генерал Александър Протогеров и неговият телохранител Атанас Гоцев. Пристигналите полицаи само констатират смъртта на двамата.
Александър Протогеров е роден в „българския Йерусалим“ – Охрид, на 23 февруари 1867 година. В родния си град учи до втори прогимназиален клас, а през 1881 година заминава за Княжество България, през следващата година вече е сред възпитаниците на Военното училище. Като взводен командир участва в Сръбско-българската война, проявява изключителна храброст и е награден с орден „За храброст“. След войната продължава обучението си във Военното училище и се включва в преврата на 9 август 1886 година, при който е свален княз Александър Батенберг.
Следват 10 години офицерска служба в различни гарнизони. През 1885 година по време на службата му в Русе, оглавява новооснованото местното офицерско братство, част от Македоно-одринската организация, начело с Върховния Македоно-Одрински комитет (ВМОК). През същата година започва тригодишен генералщабен курс във Военното училище, а през 1902 година напуска частта си, за да оглави чета в Горноджумайското въстание.
От началото на 1903 година излиза в запас, за да се посвети на делото на македоно-одринската революционна борба, а след смъртта на генерал Иван Цончев става водеща фигура сред „върховистите“. Той е и един от малкото „върховисти“, които са радетели за съвместни действия между ВМОК и ВМОРО. Плод на сътрудничеството между двете организации е подготовката на Илинденско-Преображенското въстание. Самият Протогеров начело на четата си води неравен бой с турска потеря в Охридско през април 1903 година и е ранен на шест места, оцелелите му другари го докарват до Княжество България и той се възстановява, но не успява да вземе участие във въстанието.
Следва кратък престой в армията и после пак е в запаса в редовете на дейците на комитета. През 1905 година напуска ВМОК и се присъединява към ВМОРО, а на следната година се връща в армията. През 1912 година, вече с чин подполковник, Александър Протогеров за пореден път се уволнява от армията и започва организиране на чети, които да се включат в предстоящата Балканска война.
След обявяването на войната организира и изпраща над 60 чети в тила на турската армия, а по-късно става бригаден командир в новосформираното Македоно-одринско опълчение, в редовете на което се бие и в двете Балкански войни.
След края на Междусъюзническата война заедно с Тодор Александров възстановява дейността на ВМРО. Като член на Централния комитет работи с Младотурския комитет за изнасяне на факти за зверствата на сърби и гърци над българи и турци в Македония прес световната общественост. През 1914 година организира Смесен комитет между ВМРО и Турския комитет, с цел борба с общия неприятел – сърби и гърци.През Първата световна война е един от създателите на 11 пехотна Македонска дивизия, в която е бригаден командир, а после създава Планинската дивизия. През 1917 година е назначен за заместник-началник на Македонската военно-инспекционна област. По-късно ръководи потушаването на така нареченото Топличко въстание в Поморавието.
Активно работи срещу турската пропаганда в Македония в българския тил през същата година.През пролетта на същата година генерал-майор Протогеров е назначен за директор на Дирекцията за Стопански грижи и обществена предвидливост ( С.Г.О.П.), която се занимава с военновременното използване на наличните стопански ресурси през Първата световна война. Независимото му поведение води до конфликт с немското командване и след едно пътуване до Главната Квартира на съюзническото командване в Плес, той подава оставка. През 1918 година генерал Протогеров ръководи отбраната на София и смазва Войнишкото въстание.
След края на войната, в края на 1919 година Протогеров попада в затвора, като е сред обвинените за краха на националния идеал. Само след няколко дни обаче успява да избяга и след това с Тодор Александров възстановяват отново дейността на ВМРО. След 1920 година започва и най-активният период на Протогеров като деец на ВМРО- той пътува често в чужбина-среща се с представители на официалните кръгове в Англия, Франция, Италия и Германия и търси съдействие от тях за облекчаване на положението на поробените българи в Македония. Поддържа връзки и с ръководителя на Турция- Мустафа Кемал-Ататюрк.
През 1924 година след преговори с Коминтерна във Виена, членовете на ЦК на ВМРО Петър Чаулев и Александър Протогеров, упълномощени от Тодор Александров, подписват така наречения „Майски манифест“, датата е 6 май. В „Майския манифест“ е прокламирана целта за независима Македония, която трябва да бъде постигната чрез революционна борба заедно с левите сили в Македония.
Реториката на „Майския манифест“ е близка до тази на Комунистическия интернационал. Този ход е оценен като грешка и Протогеров и Александров оттеглят подписите си с декларация на 18 юли 1924 година, но Петър Чаулев не се отказва от подписа си под манифеста. Отдавна съществуващите различия между двамата водачи – Протогеров и Александров, започват да се проявяват все по-често. На 31 август 1924 година на път за конгреса на Серския революционен окръг предателска ръка убива Тодор Александров и телохранителя му Панзо Зафиров. Спътникът им Александър Протогеров е пощаден. Това е преломен момент в неговия живот.
Властта във ВМРО е поета от секретаря на Александров – Иван (Ванчо) Михайлов – Скромния. Ванчо Михайлов бързо разкрива организаторите на убийството на Александров – войводите Георги Атанасов и Алеко Василев (Алеко паша), след което младият ръководител организира кърваво отмъщение за убийството на Александров.
На 12 септември 1924 година в хотел „Париж“ в Горна Джумая (Благоевград) проехтяват изстрели, противниците на Старио (Тодор Александров) са убити, в Мелнишко са ликвидирани и физическите му убийци. Протогеров е оставен жив. Съмненията, че е замесен в убийството на Тодор Александров не напускат Иван Михайлов, както и много от дейците на организацията. През февруари 1925 година в пиринското село Сърбиново е проведен конгрес на ВМРО, на който обвиненията към Протогеров се сипят от всички страни.
Въпреки това, той е избран за член на ЦК на организацията заедно с Иван Михайлов и Георги Попхристов. При атентата в „Света Неделя“ той е сред ранените. Влиянието на генерала в организацията намалява прогресивно. Въпреки това той продължава да работи усилено и създава на разузнавателна служба на ВМРО. През юни 1926 година обикаля поробена Македония начело на ревизионна чета.
През 1928 година отношенията между Иван Михайлов и Александър Протогеров се обтягат видимо. В спомените си Иван Михайлов дори отива по-далеч в обвиненията си – нарича Протогеров „Троянски кон“ за превземане на ВМРО отвътре, използван от комунистите. Освен това обвинение, Иван Михайлов посочва и близките връзки между Кимон Георгиев и генерала като сближаване с проюгославски дейци и измяна на делото на организацията. Взето е решение за ликвидирането на Протогеров. В нощта на 7 юли 1928 той е убит.
